通过公共数据库TCGA与ImmPort数据库分别下载肝癌患者的RNAseq数据和与免疫有关基因的表达数据。将肝癌患者的LNCRNA表达数据进行差异分析,并将LNCRNA的表达数据和ImmPort数据库下载的基因表达数据做相关性分析,两者提取交集构建风险模型,再将模型进行Lasso回归分析[5],最后得出病人的风险回归模型。之后,通过风险模型来预测患者的总生存率和死亡几率。
仓库内有CIBERSOFT算法计算出TCGA胃癌患者免疫细胞含量(采用SVM方法)并以其CD8+细胞与其lncRNA做相关性分析