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Bio-Computing Platform Featuring Large-Scale Representation Learning and Multi-Task Deep Learning “螺旋桨”生物计算工具集
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自用TCGA单基因分析套路,按不同表达均值分组GSEA和单基因相关性GSEA
通过公共数据库TCGA与ImmPort数据库分别下载肝癌患者的RNAseq数据和与免疫有关基因的表达数据。将肝癌患者的LNCRNA表达数据进行差异分析,并将LNCRNA的表达数据和ImmPort数据库下载的基因表达数据做相关性分析,两者提取交集构建风险模型,再将模型进行Lasso回归分析[5],最后得出病人的风险回归模型。之后,通过风险模型来预测患者的总生存率和死亡几率。
关于肝癌的免疫分析,主要是经过免疫浸润分析与相关性分析,得出免疫基因、免疫细胞、焦亡基因间的关系