# GeneMiner

**Repository Path**: sculab/GeneMiner

## Basic Information

- **Project Name**: GeneMiner
- **Description**: Geneminer: a software for extracting phylogenetic markers from next generation sequencing data
- **Primary Language**: Python
- **License**: GPL-3.0
- **Default Branch**: main
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2023-11-24
- **Last Updated**: 2024-05-13

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

**[To View README in English](README.md)**

**注意**：最新版本的分析工具GeneMiner2目前已经公开释放，适用于从下一代测序（NGS）原始数据到系统发育树构建的整个工作流程，其拥有完善的图形界面（目前支持Windows和macOS）。请访问：[GitHub](https://github.com/sculab/GeneMiner2) 或 [Gitee](https://gitee.com/sculab/GeneMiner2)获取 GeneMiner2。

# 概览
GeneMiner是一款用于从下一代测序（NGS）数据中提取系统发育标记的软件。(i) 使用GeneMiner，用户可以从NGS数据中准确、高效地以经济的成本获得大量系统发育标记。例如，从基因组浅层测序数据中提取所有或部分线粒体/叶绿体基因以及核基因组中高度重复的区域（如nrDNA）。从转录组测序数据中提取单拷贝到低拷贝基因等。GeneMiner从最基本的数据层面扩展了系统发育标记的选择。(ii) GeneMiner提出了一种基于碱基替换模型和重复抽样的新颖验证方法，可以统计地评估参考对组装的影响。(iii) GeneMiner提供跨平台的图形界面，可轻松对接到下游系统发育分析过程。此外，GeneMiner可用于DNA条形码提取、海关检疫、特定功能基因探索等研究，具有广泛的应用前景。

# 引用
- Xie PL, Guo YL, Teng Y, Zhou WB, Yu Y. 2024. GeneMiner: A tool for extracting phylogenetic markers from next-generation sequencing data. Molecular Ecology Resources: e13924. [doi:10.1111/1755-0998.13924](https://www.researchgate.net/publication/377298770_GeneMiner_A_tool_for_extracting_phylogenetic_markers_from_next-generation_sequencing_data)

**完整的使用说明请访问 GeneMiner 的[ENGLISH README](./README.md)**